При этом с база 1С файловая и с ней работает один пользователь.
Почему возникает ошибка Конфликт блокировок?
При записи больших объемов данных с помощью групповых обработок изменения, может возникнуть конкуренция с фоновыми заданиями.
Чтобы не разбираться какое фоновое задание выполняется и блокирует групповую обработку, можно запустить сеанс 1С с ключом
/AllowExecuteScheduledJobs -off
После выполнения групповой обработки, нужно флаг снять, чтобы регламентные задания выполнялись