Удалить записи регистра сведений с отбором

Для этого можно воспользоваться конструкцией кода

НаборЗаписей = РегистрыСведений.ОбъектыСтроительстваОрганизаций.СоздатьНаборЗаписей();
НаборЗаписей.Отбор.Организация.Установить(УдаляемаяОрганизация);
НаборЗаписей.Записать();

После этого проверяем